FBI-agenter - eller "specielle agenter", ifølge deres officielle titel - tjener en løn baseret på deres erfaring, det kontor, de er blevet tildelt, og deres arbejdstimer, som er længere end dem for de fleste føderale ansatte. Sæt det hele sammen, og en FBI-agent kan tjene langt over $10.000 om måneden. De starter dog ikke der.
Grundlønnen for lønnede føderale ansatte bestemmes af det generelle skema, en lønskala, der overvåges af Office of Personal Management. Det generelle skema har 15 karakterer - fra GS-1, den lavest betalte karakter, op til GS-15. Hver klasse har 10 "trin" baseret på en medarbejders service og præstation. Føderale retshåndhævere, herunder FBI-agenter, har en modificeret GS-skala, kaldet "GS LEO", med lidt højere lønsatser for GS-3 til GS-10. Ved de GS-karakterer, der gælder for FBI-agenter, har trin 10 i en lønklasse en løn, der er 30 procent højere end trin 1. På grund af trinene er der betydelig overlapning mellem karaktererne. I 2011, for eksempel, tjente en FBI-agent på GS-10 Trin 8 en grundløn på 57.979 USD årligt, eller omkring 4.831 USD om måneden, mens en person på GS-11 Trin 1 kun tjente 50.287 USD årligt, eller omkring 4.190 USD om måneden.
Ifølge FBI starter nye agenter ved GS-10 Trin 1 på retshåndhævelsesskalaen. Fra 2011 betød det en årlig grundløn på $47.297 eller $3.941 om måneden. FBI-agenter kan avancere så højt som GS-13, som fra 2011 toppede med en grundløn på $93.175 om året eller $7.765 om måneden. FBI har stillinger på GS-14 og GS-15 niveauer, men det er ledelses- og tilsynsstillinger -- ikke feltagenter.
FBI har 56 feltkontorer landsdækkende. Leveomkostningerne for agenter tilknyttet f.eks. New York eller San Francisco vil være betydeligt højere end for agenter udstationeret i Omaha, Nebraska eller Springfield, Illinois. Det er derfor, FBI-agenter modtager en "lokalitetsjustering" baseret på det kontor, de er tilknyttet. Fra 2011 varierede lokalitetsjusteringer fra 11 procent til 28,7 procent af grundlønnen. For en GS-10 Trin 1-agent betød det en årsløn på mellem $52.504 og $60.881 eller en månedlig sats på $4.375 til $5.073. For en GS-13 Trin 10-agent betød lokalitetsjusteringer en årsløn på $103.434 til $119.935 for en månedlig sats på $8.620 til $9.995.
De fleste føderale ansatte arbejder 40 timer om ugen. FBI-agenter forventes dog at lægge 50 timer om ugen. Som følge heraf modtager de en justering på 25 procent kendt som "rådighedsløn". Disse 25 procent er beregnet efter lokalitetsjusteringer er tilføjet en agents løn. Så en GS-10 Trin 1-agent tjener, efter lokalitets- og tilgængelighedsjusteringer, mellem $65.630 og $76.101 om året eller $5.469 til $6.342 om måneden. En GS-13 Step 10-agent kan efter lokalitets- og tilgængelighedsjusteringer tjene $129.293 til $149.919 om året eller $10.774 til $12.493 om måneden.