Den filippinske børs dukkede op første gang i 1993, men dens historie strækker sig meget længere. Børsen var en fusion af Manila-børsen og Makati-børsen, som skabte en enkelt børs på Filippinerne. Fusionen tjente også som et symbol for et land, der havde set sin andel af politiske splittelser, at nationen kunne handle i en enestående retning.
Manila-børsen blev grundlagt 8. august 1927 af fem amerikanske forretningsmænd. Det var i Insular Life Building på Plaza Cervantes, Binondo. Grundlæggerne W.P.G. Elliot, W. Eric Little, Gordon W. Mackay, John J. Russell og Frank W. Wakefield sagde, at de ønskede en børs, der kunne tjene offentligheden, praktisere etiske standarder og opretholde god forretningspraksis. De hævdede også, at handel med aktier ville stimulere Filippinernes økonomi. Manila-børsen flyttede til Pasig i 1992.
Den yngre Makati-børs blev grundlagt 27. maj 1963. Den havde også fem stiftende medlemmer:Miguel Campos, Bernard Gaberman, Aristeo Lat, Eduardo Ortigas og Hermenegildo B. Reyes. Fordi Filippinerne allerede havde en børs i drift, var der modstand mod en anden. Børsen, som var i Insular Life Building i Makati, begyndte først at fungere den 16. november 1965. I 1971 flyttede den til sin egen bygning på Ayala Avenue i Makati.
Selvom Filippinerne havde to børser, handlede de begge de samme aktier. De overlappede indsatsen, men de havde forskellige politikker, forskellige medlemmer og forskellige aktiekurser. Det blev hurtigt klart, at landet kun havde brug for en enkelt børs.
Den filippinske præsident Fidel Ramos ledede bestræbelserne på at forene de to udvekslinger som én. Den filippinske børs blev grundlagt den 14. juli 1992, og inden den 23. december indvilligede både Makati- og Manilabørserne i at blive en del af den.
Den første bestyrelse for den filippinske børs blev valgt den 20. marts 1993. De var formanden for børsen og 14 medlemsmæglere. Eduardo de los Angelos var den første præsident for den filippinske børs, og Eduardo C. Lim var den første bestyrelsesformand. Blot et år senere gav Securities and Exchange Commission fondsbørsen sin tilladelse til at fungere som en værdipapirbørs. Licenserne til Manila- og Makati-børserne blev annulleret på samme tid. Den filippinske børs er på Philippine Stock Exchange Centre, Ortigas Centre, Pasig City og på PSE Plaza, Ayala Avenue, Makati City. Den filippinske børs har foretaget forbedringer i sit mål om at blive en premierebørs. Det blev medlem af Association of National Numbering Agencies i 1995. I 1998 gjorde Securities and Exchange Commission den filippinske børs til en selvregulerende organisation, som giver den mulighed for at skabe sine egne regler og pålægge medlemmer sanktioner.